Eckstedt liegt im Südosten des Thüringer Beckens im Landkreis Sömmerda. Die Gemeinde gehört zur Verwaltungsgemeinschaft "Gramme-Vippach", bestehend aus den Gemeinden Alperstedt, Eckstedt, Großrudestedt mit den Ortsteilen Kleinrudestedt, Kranichborn und Schwansee, Kleinmölsen, Markvippach mit dem Ortsteil Bachstedt, Nöda, Ollendorf, Schloßvippach mit dem Ortsteil Dielsdorf, Sprötau, Udestedt und Vogelsberg. Historisch und regional bedingt, bestehen infrastrukturelle Verflechtungen mit Schloßvippach, Markvippach und auch mit Udestedt. Verkehrstechnisch ist Eckstedt sehr gut an die Autobahnen A71 (10 Minuten mit dem Auto) und A4 (15 Minuten mit dem Auto) angebunden. Das Dorf liegt zentral im Städtedreieck Erfurt-Weimar-Sömmerda. Jede der drei Städte ist in 15 Minuten mit dem Auto zu erreichen.